بعد از انتشار سومین قسمت از مجموعه Metal Gear و در شرایطی که بسیاری منتظر فرا رسیدن چهارمین نسخه از این سری روی کنسول آینده سونی بودند، کونامی به همراه هیدئو کوجیما تصمیم گرفتند تا اینبار به سراغ یکی دیگر از کنسول‌های خانواده پلی‌استیشن یعنی PSP بروند. اولین کنسول قابل حمل سونی که هرچند از دید سخت‌افزار به نسبت رقبا در جایگاه بالاتری قرار می‌گرفت اما کنترل محدود آن از ارائه تجربه‌ای کامل به خصوص برای باز‌های بزرگ و جدی جلوگیری می‌کرد. نهایتا اما در سال 2005 نوبت به عرضه Metal Gear Solid Portable Ops رسید که هرچند داستان آن در مجموعه اصلی قرار می‌گیرد اما تنها نسخه‌ای از بازی‌های اصلی Metal Gear است که هیدئو کوجیما کارگردانی آن را برعهده نداشته.
برای مشاهده داستان بازی Metal Gear Solid Portable Ops به صورت ویدیویی در یوتوب کلیک کنید
داستان بازی Metal Gear Solid Portable Ops شش سال بعد از وقایع قسمت سوم مجموعه در سال 1970 اتفاق می‌افتد. گروه سابق Naked Snake (نیکد اسنیک) یعنی FOX Unit اتحاد خود با CIA را از بین برده و از ساختار زیرمجموعه‌های دولت ایالات متحده آمریکا خارج می‌شود. در این میان اسنیک هم توسط نیروهای FOX تحت تعقیب قرار می‌گیرد و تعدادی از آنها نهایتا موفق به دستگیری او می‌شوند. بازی با صحنه بازجویی اسنیک توسط ستوان کانینگهام یکی از نیروهای فاکس شروع می‌شود. کانینگهام در این بازجویی به دنبال موقعیت نیمه دیگر میران فیلسوف‌هاست که بخشی از آن در انتهای قسمت سوم مجموعه از اختیار شوروی خارج شده و به دست آمریکا افتاده بود.
در سلول کناری اسنیک، روی کمپل آخرین بازمانده از نیروهای Green Beret آمریکا قرار دارد که برای بررسی پایگاه نیروهای فاکس به منطقه فرستاده شده بودند.
اسنیک بعد از صحبت با روی کمپل متوجه می‌شود که در پایگاه San Hieronymo Peninsula حضور دارد. پایگاه موشکی شوروی که در کلمبیا رها شده بود و حالا تحت کنترل نیروهای فاکس است. اسنیک به همراه روی از سلول‌های خود فرار کرده و در ادامه تصمیم می‌گیرد که با مافوق خود Major Zero ارتباط برقرار کند.
اینجاست که به جای زیرو، ارتباط اسنیک با دیگر همراهان قدیمی‌اش یعنی Para-Medic و Sigint برقرار شده و آنها توضیح می‌دهند و اسنیک و زیرو هر دو از سوی دولت آمریکا به عنوان خائن معرفی شده‌اند. تنها راه اسنیک برای نشان دادن بی‌گناهی‌اش، پیدا کردن و دستگیری رهبر نیروهای فاکس یعنی Gene است که حالا تصمیم به مقابله با دولت آمریکا را دارد. چالش‌های جدید زمانی خود را نشان می‌دهند که اسنیک متوجه می‌شود، Gene توانسته باقی‌مانده نیروهای شوروی در این پایگاه موشکی را برای پیوستن به جنبش جدید راضی کند و حالا اسنیک باید همین رویکرد را نسبت به سربازها و نیروهای حاضر در پایگاه انجام داده و آنها را به سمت هدف خود متمایل کند.
اسنیک و گروهی که از سربازهای همراهش شکل گرفته‌اند در جریان رسیدن به مقر اصلی Gene با تعداد زیادی از نیروهای فاکس درگیر می‌شوند. در این میان اسنیک بار دیگر با فرانک یگر (Frank Jaeger) روبرو می‌شود که در این نسخه تحت عنوان null نیز شناخته می‌شود. اولین دیدار فرانک و اسنیک به سال 1966 و جنگ استقلال موزامبیک بر می‌گردد. در جریان آن جنگ اسنیک و فرانک با یکدیگر درگیر شده و بعد از شکست فرانک، اسنیک او را به مرکزی برای درمان منتقل کرده و نهایتا این شخصیت به عضویت CIA و پروژه سرباز بی‌نقص آنها در می‌آید. نهایتا اما بعد از مقابله با نیروهای مختلف فاکس، اسنیک به محل حضور Gene می‌رسد. اینجاست که اسنیک متوجه می‌شود، کانینگهام در اصل برای پنتاگون کار می‌کند و سعی داشته اسنیک را به سمتی هدایت کند که با اعمال فشار به Gene، او را مجاب به شلیک موشک هسته‌ای به خاک شوروی کند.
فرایندی که نه تنها اعتبار CIA را خدشه‌دار می‌کند بلکه باعث طولانی شدن جنگ سرد خواهد شد. در مقابل اما Gene از این نقشه به واسطه اطلاعاتی که از آسلات (Ocelot) گرفته، باخبر است. او در واقعیت به دنبال شلیک موشک هسته‌ای به خاک آمریکاست تا در کنار نابودی فیلسوف‌ها، کشوری برای سربازها تحت عنوان Army’s Heaven شکل دهد.
اسنیک در ادامه موفق به از بین بردن نمونه آزمایشی متال گیر حاضر در این نسخه می‌شود که با نام RAXA شناخته می‌شود و در ادامه Gene را نیز شکست می‌دهد. بعد از شکست خوردن Gene از اسنیک، او تمامی اطلاعات، سرمایه، تجهیزات و امکانات جمع‌آوری شده برای شکل‌گیری Army’s Heaven را در اختیار اسنیک قرار می‌دهد.
در بازگشت به به کشورش، از اسنیک تقدیر شده و او گروهی از نیروهای اختصاصی خود را تحت عنوان فاکس‌هاند (FOXHOUND) شکل می‌دهد. جایی دیگر در همین بازه زمانی آسلات رئیس مرکز اطلاعاتی آمریکا را از پا در می‌آورد و مدارکی را در اختیار می‌گیرد که اطلاعات مختلفی از جمله هویت اعضای فیلسوف‌ها را شامل می‌شود. آسلات در اصل به دنبال پیدا کردن اعضای فیلسوف‌ها برای نابودی آنهاست.
در آخرین صحنه از Metal Gear Solid Portable Ops متوجه می‌شویم که آسلات در حال مکالمه با فردی ناشناس است و بعد از صحبت‌هایی قبول می‌کند که به پروژه رئیس جدید خود اضافه شود. آسلات تنها یک شرط دارد و آن هم مشارکت اسنیک/بیگ‌باس در این پروژه است.
