یک دهه از اتفاقات MGS 3 گذشته و حالا بیگ باس یا همان اسنیک در سال 1974 موفق به راهاندازی ارتش خود با نام سربازهای بدون مرز (MSF) شده. ارتشی که نیاز ندارد از هیچ کشور یا سیاستمداری دستور گرفته و تنها یک هدف یعنی ایجاد صلح را دنبال میکند. بعد از اتفاقات قسمت سوم و خیانت دولت آمریکا به باس، اسنیک از کشور خود فاصله گرفته و تصمیم دارد محیطی را برای سربازها آماده کند که دیگر تبدیل به بازیچه دست دولتمردان نشوند. اسنیک در حال آموزش به نیروهای خود است که معاون و دوستش کازوهیرا میلر به سراغ او آماده و خبر از رسیدن دو مهمان به پایگاه MSF را میدهد. رامون گالوز منا استاد یکی از دانشگاههای کاستاریکا به همراه شاگردش پاز اورتگا آندراده با درخواستی جالب توجه به سراغ اسنیک آمدهاند.
برای مشاهده داستان بازی به صورت ویدیویی در یوتوب کلیک کنید
کاستاریکا در آن بازه زمانی اجازه داشتن ارتشی مستقل را ندارد و گالوز و پاز توضیح میدهند که به تازگی نیروهای ناشناسی در نقاط مختلف کاستاریکا حضور پیدا کرده و مردم این کشور را مورد تهاجم قرار دادهاند. تا اینجای کار موضوع جذابیتی برای اسنیک ندارد اما گالوز با بخش نوار کاستی، تصمیم اسنیک را بر میگرداند. با پخش نوار مورد نظر اسنیک شوکه شده و صدای استاد قدیمی خود یعنی باس را میشنود. شخصیتی که به نظر میرسید در جریان MGS 3 توسط اسنیک کشته شده حالا زنده است و قهرمان داستان برای پیدا کردن راز زنده ماندن او پیشنهاد گالوز را قبول میکند. این استاد کاستاریکایی البته قول میدهد که در صورت انجام ماموریت، محل مشخصی را برای پایگاه MSF اختصاص دهد و البته کمکهای غیررسمی دولت کاستاریکا را نیز همراه آن کند. این در حالی است که امتیازهای اشاره شده هیچ جذابیتی برای اسنیک ندارند و او تنها به دنبال راز صدای باس در کاستاریکا است. موضوعی که حتی به آن اعتراف نکرده و دلیل قبول کردن ماموریت را پاز معرفی میکند که چیزی جز رسیدن به صلح را دنبال نمیکند. هرچند اسنیک و میلر به گالوز مشکوک هستند که برای KGB کار میکند اما نهایتا او به آنها اطمینان میدهد که چنین موضوعی صحت نداشته و هدف اصلیاش پایان دادن به نیروهای حاضر در منطقه است که گفته میشود ارتباط مستقیمی به CIA دارند.
شش روز بعد اسنیک وارد منطقه شده و در اولین ماموریت خود متوجه میشود که به احتمال فراوان نیروهای استخدام شده از سوی CIA در حال وارد کردن سلاح هستهای به کاستاریکا هستند. در ادامه اسنیک با آماندا روبرو میشود که کنترل گروهی از نیروهای مقاومت را برعهده داشته و توضیح میدهد که مشکوک است حضور CIA در منطقه به راهاندازی کودتایی شبیه به شیلی ارتباط دارد. با این حال آماندا توضیح میدهد که وجود تجهیزات فوق پیشرفته شاید نشاندهنده موضوعی جدیتر از یک کودتا ساده باشد. نیروهای آماندا توسط پهپادهایی بدون سرنشین مورد حمله قرار گرفته و در این بین چیکو برادر کوچکتر آماندا به اسارت گرفته میشود. آماندا احتمال میدهد که چیکو به زندانی در شمال محل قرارگیری آنها منتقل شده و اسنیک به منطقه مورد نظر وارد شده نهایتا چیکو 12 ساله را نجات میدهد. اینجاست که آماندا و چیکو به عنوان اعضای جدید MSF معرفی شده و به Motherbase منتقل میشوند. اطلاعات به دست آمده از چیکو ثابت میکند که کلاهکهای هستهای به منطقه وارد شده و اسنیک به دنبال کامیونهای حامل آنها میرود اما نهایتا دیررسیده و با کامیونهایی روبرو میشود که خالی شدهاند. اسنیک در جستجوی سلاحهای هستهای موفق به شنیدن گفت و گویی میان Huey Emmerich (مهندسی ویلچرنشین) و مامور CIA در منطقه یعنی Hot Coldman میشود.
کلدمن به هیو توضیح میدهد که قصد دارد با وجود توافق خلع سلاح هستهای، موشکی را به وسیله ساخته او شلیک کند تا قدرت این جنگافزار جدید مشخص شده و البته نهایتا بتواند به پست ریاست CIA برسد. هیو با این دیدگاه مخالف است و کلمدن نهایتا بعد از پرتاب او از بالای راهپله، محیط را ترک میکند. اسنیک به سراغ هیو رفته و طی صحبتهایش حضور سلاحهای هستهای را تایید میکند. در ادامه اسنیک سرنخهای موجود را دنبال کرده و در مقابل جنگافزاری شبیه به یک تانک بزرگ قرار میگیرد که بدون شک او را به یاد Shagohod (متال گیر MGS 3) میاندازد. جنگافزاری که هیچ انسانی کنترل آن را برعهده نداشته و با نام Pupa شناخته میشود و توسط هوش مصنوعی هدایت میشود. نهایتا اسنیک با راهنمایی هیو موفق به شکست Pupa میشود. هیو به این نکته اشاره میکند که Pupa نوعی اسلحه هوش مصنوعی اولیه است و از سیستمی مشابه با دو نمونه دیگر ساخته شده یعنی Chrysalis و Cocoon بهره میگیرد. در حال هدایت توسط کلدمن، نیروهای حاضر در کاستاریکا کمپانی امنیتی را تحت عنوان Peace Sentinel راهاندازی کرده و از تجهیزات موجود برای ساخت سلاحهای هوش مصنوعی استفاده میکنند. آنها حتی کلاهک هستهای را روی جنگافزاری سوار کردهاند که با نام Peace Walker شناخته میشود که آخرین نمونه از اسلحههای هوش مصنوعی ساخته شده توسط Peace Sentinel است.
هدف پروژه Peace Walker ساخت سیستم شلیک کلاهک هستهای است که به شکل خودکار و با هدف تلافیجویانه توسعه پیدا کرده تا در صورت شروع جنگ هستهای به سرعت وارد عمل شده و البته از حضور نیروی انسانی که قدرت لازم برای تصمیمگیریهای سخت را ندارد، جلوگیری کند. اسنیک متوجه شده که Peace Walker در اصل نمونهای دیگر از اسلحههای Metal Gear است که یک دهه پیش الکساندر لئونوویچ درباره آن با او صحبت کرده بود. هرچند این اسلحه برای جلوگیری از جنگ هستهای شکل گرفته اما هیو به هیچوجه قصد ندارد اجازه دهد تا کلدمن برای نمایش قدرتش، نسبت به شلیک هستهای اقدام کند. اطلاعات به دست آمده خبر از آزمایش نهایی طی پنج روز آینده میدهند و هیو به اسنیک پیشنهاد میکند در این میان به سراغ یکی از محققان هوش مصنوعی Peace Walker یعنی Dr.Strangelove برود. دانشمندی که سیستم تصمیمگیری رده بالای هوش مصنوعی این جنگ افزار را با نام Mammal Pod توسعه داده. هیو در ادامه به MSF ملحق شده و وارد Motherbase میشود. این در حالی است که تحقیقات هیو نشان میدهد که MSF میتواند با به دست آوردن تجهیزات بیشتر، چیزی شبیه به Metal Gear مخصوص خود را توسعه دهد. اطلاعات موجود اسنیک را به سمت یکی از معبدهای مایاها میرساند که پایگاهی در آن مخفی شده. اینجاست که بالاخره قهرمان داستان با دکتر استرنجلاو ملاقات میکند. صحبتهای استرنجلاو نشان میدهد که او در گذشته با باس رابطه نزدیکی داشته و مدتهاست که به دنبال قاتل او یعنی اسنیک است.
او توضیح میدهد که بعد از مرگ باس، برای به دست آوردن پاسخ سوالاتش، هوش مصنوعی را براساس او توسعه داده و آن را در پوششی قرار داده که تحت عنوان Mammal Pod شناخته میشود. در قبال شراکت در پروژه Peace Walker، استرنجلاو تمامی اطلاعات مرتبط با باس همچون سابقه نظامی، پزشکی، دادههای روانشناسی و تمام مدارک عملیاتهای او را از CIA دریافت کرده. با شناختی که استرنجلاو نسبت به باس دارد، مطمئن است که شخصیت او بهترین گزینه برای تصمیمگیری درباره شلیک یک کلاهک هستهای است. با این حال هدف استرنجلاو چیز دیگری است و قصد دارد تا با نشان دادن واقعیت ماجرا نام باس را پاک کرده و به دنیا نشان دهد که او خیانتکار نیست. در شرایطی که اسنیک از دانستن آخرین خواسته باس سرباز میزند و او را خیانتکار معرفی میکند، استرنج دعوت میکند که وارد محفظه هوش مصنوعی شده و آن را از بین ببرد. اسنیک وارد محفظه شده اما نمیتواند خود را برای از بین بردن هوش مصنوعی که با صدای باس ذهنش را درگیر کرده، راضی کند. اسنیک در ادامه و در محیط کارخانه هوش مصنوعی بهوش آمده و مجبور به درگیری با Chrysalis میشود. این اسلحه هوش مصنوعی پرنده از بین میرود و میلر با اسنیک تماس میگیرد تا موقعیت آزمایش نهایی Peace Walker را مخابره کند. با این حال میلر شک دارد که اسنیک خود را راضی به از بین بردن هوش مصنوعی اشاره شده کند اما بیگ باس برای بار دیگر تضمین میکند که در دیدار دوباره آنها دیگر مانعی وجود نخواهد داشت.
اسنیک موقعیت جدید آزمایش Peace Walker را پیدا کرده و اینجاست که مجبور به درگیری با دیگر باس قدرتمند بازی میشود که تحت عنوان Cocoon شناخته میشود. اسنیک پیروز این جنگ است و نهایتا راه برای رسیدن به Peace Walker هموار میشود. اسنیک به محل قرارگیری Peace Walker میرسد و درست در لحظهای که هیچکس از آن محافظت نمیکند وارد محل قرارگیری هوش مصنوعی ساخته شده براساس باس میشود. صحبتهای اسنیک با هوش مصنوعی جوابی را برای او به همراه ندارد اما در همین لحظه توسط استرنجلاو، کلدمن و نیروهای آنها محاصره میشود. کلدمن نهایتا اعتراف میکند که هدف ساخت Peace Walker، اثبات دوباره جایگاهی قدرتمند برای آمریکا در منطقه است که بعد از بحران موشکی کوبا، متزلزل شده. او همچنین اعلام میکند که مغز متفکر پشت عملیات Snake Eater (اتفاقات اصلی MGS3) است و با همین هدف به آمریکای مرکزی منتقل شده. اسنیک با تعدادی از نیروهای کلدمن درگیر شده و در این بین و پیش از بیهوش شدن به شکلی مخفیانه موفق به گرفتن کارت شناسایی استرنجلاو میشود. اسنیک دستگیر شده و استرنجلاو مشغول شکنجه اوست تا به این سوال پاسخ دهد که آیا واقعا باس برای خدمت به کشورش کشته یا خائنی بوده که دولت آمریکا حرف از آن میزند. اسنیک از پاسخ دادن به این سوال طفره میرود اما صحبتهایش نهایتا به حدی داده در اختیار استرنجلاو قرار میدهد تا او مراحل توسعه Mammal Pod را تکمیل کند. بعد از تنها شدن، اسنیک به وسیله کارت شناسایی استرنجلاو از زندان فرار کرده و میلر در تماسی به او اعلام میکند که هیچ خبری از گالوز و پاز نیست و احتمالا کلدمن در ناپدید شدن آنها نقش دارد. اسنیک به محل نگهداری Peace Walker باز میگردد و با کلدمن و پاز دستگیر شده مواجه میشود. کلدمن از اتمام ساخت Mammal Pod خبر میدهد و اعلام میکند که اولین هدف Peace Walker چیزی نیست جز پایگاه MSF که در دریای کارائیب قرار گرفته. در این لحظه کلدمن قصد دارد تا قابلیتهای حرکتی Peace Walker را برای کاخ سفید به نمایش در آورد و در همین راستا آن را برای حرکت به ساحل کارائیب راهاندازی میکند. کلدمن در این لحظه با پاز از صحنه درگیری اسنیک و Peace Walker خارج میشود. اسنیک برای مدتی Peace Walker را دنبال کرده و صدمات زیادی را به آن وارد میکند اما نهایتا موفق به ادامه این مسیر نمیشود و عملیات تعقیب را متوقف میکند. آماندا اطلاعات جدیدی را به دست آورده و با توجه به آنها اعلام میکند که کلدمن Peace Walker را به یکی از پایگاههای آمریکا منتقل کرده تا شلیک از آنجا طی دو روز آینده انجام شود. میلر یا اسنیک هنوز به درستی نمیدانند که هدف کلدمن از انجام این کار چیست، آیا او میخواهد مذاکرات در حال انجام میان آمریکا و شوروی را متوقف کند یا قصد دارد با اسفتاده از این اسلحه جدید، طرف مقابل را تحت فشار قرار دهد.
اسنیک به دنبال Peace Walker وارد نیکاراگوئه شده و به پایگاه موشکی آمریکا میرسد. در همین حین اسنیک متوجه حضور مشکوک نیروهای شوروی در منطقه میشود و بعد از وارد شدن به یکی از اتاقهای امنیتی پایگاه با پاز ارتباط گرفته و متوجه میشود که کلدمن در حال حرکت به سمت برج ارتباطی است تا آخرین اطلاعات برای شلیک Peace Walker را وارد سیستم کند. اسنیک در این بین و برای رسیدن به کلدمن با تعداد زیادی از نیروهای حاضر درگیر شده و در همین حین میلر به همراه نیروهای MSF در حال حرکت به پایگاه موشکی آمریکاست. در برج ارتباطی، اسنیک با کلدمن و پاز مواجه شده و بلافاصله توسط نیروهای شوروی محاصره میشود. کلدمن به اسنیک میگوید که دیر رسیده و او موفق شده تا اطلاعات تقلبی حمله هستهای شوروی به آمریکا را وارد سیستم کند. از آنجایی که Peace Walker یک سیستم تلافیجویانه یا جلوگیریکننده است، به شکل خودکار امکان شلیک هستهای را نداشته و تنها این کار را در صورت وجود تهدید هستهای انجام میدهد. از این رو کلدمن اطلاعات نهایی را به شکل مهندسی معکوس وارد میکند تا نه تنها هوش مصنوعی Peace Walker وارد عمل شود بلکه به شکل خودکار Motherbase نیروهای MSF را هدف قرار دهد. کلدمن اعتقاد دارد که Peace Walker اولین و آخرین شلیک هستهای جنگ سرد را انجام میدهد و دنبال کردن این فرایند تنها راه واقعی رسیدن به صلح جهانی است. اسنیک کیف حاوی کد فعالسازی کلاهک هستهای که به دست کلدمن با دستبندی متصل است را هدف قرار داده اما در همین لحظه گالوز وارد ماجرا میشود. اسنیک و پاز متوجه مشوند که نام واقعی گالوز، Vladimir Alexandrovich Zadornov است و مدتهاست که در ارتباطی مستقیم با کلدمن قرار دارد.
زادورنوف توضیح میدهد که نیروهایش کل پایگاه را به کنترل خود درآورده و تاکنون مشغول فراهم کردن تجهیزات و تکنولوژی برای Peace Sentinel در مقابل دریافت زمین و سرباز بوده. زادورنوف اعلام میکند که قصد دارد با در اختیار گرفتن کنترل Peace Walker، موشک هستهای را به سمت کوبا شلیک کند. هدف اصلی زادورنوف شلیک کلاهک هستهای از یک پایگاه آمریکایی به سمت یکی از مهمترین متحدان شوروی است تا ارتباط میان آمریکای شمالی و جنوبی به کلی قطع شده و موفقیت ایالات متحده در منطقه تضعیف شده تا نهایتا سرنوشت جنگ سرد به نفع بلوک شرقی خاتمه پیدا کند. اینجاست که کلدمن تازه متوجه خیانت زادورنوف میشود.
زادورنوف اسلحه را در دست پاز قرار میدهد تا برای جبران تمام شکنجههایش، کلدمن را خلاص کند اما نهایتا پاز موفق به انجام این کار نمیشود و زادورنوف خود شخصا وارد عمل میشود تا دو گلوله به سمت کلدمن شلیک شود. مشخصات زادورنوف در این لحظه تصمیم میگیرد که از کشتن کلدمن صرف نظر کند اما او را مجبور میکند تا کیف حاوی کد فعالسازی کلاهک هستهای را باز کند. در ادامه زادورنوف، استرنجلاو را مجبور به تغییر هدف از MSF به کوبا میکند اما در همین لحظه است که کمک از راه رسیده و آماندا با تعداد زیادی از نیروهای همراهش، سربازهای زادورنوف را از بین برده و از شلیک موشک هستهای جلوگیری میکنند. چندی بعد نیروهای MSF به Mother Base بازگشته و زادورنوف و کلدمن زخمی را آماده انتقال میکنند. اسنیک به سراغ هوش مصنوعی ساخته شده براساس Boss میرود و آن را از بین میبرد. در شرایطی که کلدمن به واسطه از دست دادن حجم زیادی از خون، در حال کشیدن آخرین نفسهایش است، با وجود دخالت میلر، موفق به فعالسازی Peace Walker میشود که کوبا را هدف گرفته. کلدمن توضیح میدهد که اطلاعات تقلبی ارسالی به جز Peace Walker به فرماندهی دفاع هوافضای آمریکای شمالی نیز مخابره میشود. از آنجایی که اطلاعات تقلبی از حمله شوروی به آمریکا هیچ فرقی با دادههای واقعی ندارند این مسئله مطرح میشود که آمریکا در مقابل تصمیم به مقابله هستهای میگیرد اما کلدمن اعتقاد دارد که وجود انسانها در یک طرف ماجرا از این موضوع جلوگیری خواهد کرد. در مقابل اما Peace Walker به واسطه استفاده از هوش مصنوعی و نبود نقش انسان یک بازدارنده بینقص است. با توجه به حضور رئیس جمهور و جانشین رئیس جمهور آمریکا در مذاکرات با طرف شوروی، غیبت آنها باعث میشود که پارلمان آمریکا و در اصل سخنگو آن به عنوان تصمیمگیرنده نهایی برای مقابله هستهای شناخته شوند. با در نظر گرفتن این موضوع که اطلاعات تقلبی از سوی آمریکا به عنوان دادههای واقعی شناسایی می شود، فرمادهی دفاع هوافضای آمریکا وضعیت دفکان 3 اعلام کرده و مقر استراتژی هوایی را برای جلسه اضطراری آماده میکند. با اینکه کلدمن از کد غیرفعالسازی خبر دارد اما در آخرین لحظات زندگی خود از اشتراکگذاری آن خودداری کرده و با نمایش علامت صلح جان خود را از دست میدهد.
اسنیک تصمیم میگیرد که برای توقف شلیک هستهای و ارسال اطلاعات تقلبی، Peace Walker را شخصا نابود کند. بعد از درگیریای طولانی نهایتا سیستم حرکت Peace Walker از کار افتاده و فرایند شلیک موشک متوقف میشود اما ارسال اطلاعات همچنان بدون دخالت خارجی باقی میماند. همین موضوع و نهایتا نتیجهگیری دولتمردان آمریکایی آنها را شرایطی قرار میدهد که برای مقابله آماده شلیک موشکهای هستهای به سمت شوروی شوند. وضعیت به سختی برای اسنیک دنبال میشود و ساختار محفظه هوش مصنوعی Peace Walker به شکلی طراحی شده که حتی در مقابل انفجار هستهای مقاوم باشد. اسنیک برای نابودی آن هیچ راهی ندارد و حتی پیشنهاد قرق کردن آن در دریاچه به واسطح وزن 500 تنی این جنگافزار امکانپذیر نیست. اسنیک متوجه میشود که راهی باقی نمانده و از هیو میخواهد که او را به پنتاگون متصل کنند. اسنیک با رئیس CIA صحبت کرده و با بازگویی اتفاقات پایانی MGS3 و دیدارش با رئیس جمهور هویت خود را اثبات کرده و آمریکا را مجاب میکند تا از حمله هستهای خودداری کنند. در همین لحظه و در شرایطی که همه چیز به نظر پایانیافته یکی از افسرهای حاضر در اتاق فرماندهای پنتاگون با نشانه گرفتن اسلحه خود به سمت رئیس CIA، قصد دارد او را مجبور به شلیک هستهای کند. در شرایطی که همهچیز از دست رفته به نظر میرسد، Mammal Pod محفظه خود را بازکرده و اسنیک وارد آن میشود تا تمامی بُردهای مربوط به حافظه Boss را خارج کند. این در حالی است که همچنان جریان ارسال اطلاعات تقلبی ادامه دارد و وضعیت گروگانگرفتن رئیس CIA ادامه پیدا میکند.
استرنجلاو در همین لحظه با اسنیک ارتباط میگیرد و توضیح میدهد که هوش مصنوعی دوم Peace Walker برای توقف فعالیت کامل آن باید از بین برود. اسنیک تمام تلاش خود را برای آسیب زدن به Peace Walker به کار گرفته و نهایتا در شرایطی که به نظر میرسد در این راه موفق شده، جنگافزار غولآسا به شکل ایستاده درآمده با صدای باس شروع به خواندن ترانه The Carpenters میکند. اینجاست که حرکت Peace Walker به سمت دریاچه شروع میشود و استرنجلاو توضیح میدهد که وجودیت باس در اصل تصمیم گرفته که به هوش مصنوعی برای توقف ارسال اطلاعات دستور دهد. بعد از ورود Peace Walker به دریاچه، اطلاعات شلیک موشک از رادار فرماندهی دفاع هوافضای آمریکای شمالی حذف شده و با علامت صلح جایگزین میشود.
بعد از تمام این ماجراها اسنیک در گفت و گویی با میلر اعتراف میکند که بارها خود را در جایگاهی پیدا میکند که آرزو دارد زندگی متفاوت از باس را تجربه کند. او احساس میکند که باس با پایین آوردن سلاح خود به او و خودش به عنوان یک سرباز خیانت کرده تا زندگیاش را برای کشورش وقف کند. اسنیک نهایتا درخواست میکند که از این پس با عنوان بیگ باس او را خطاب قرار دهند. کشوری که حالا از دید بیگ باس هیچ ارزشی برای فداکاری ندارد و تنها از سربازها برای رسیدن به اهدافش سواستفاده میکند. بعد از اتفاقات کاستاریکا و نیکاراگوئه پاز به واسطه مشخص شدن هویت واقعی زادورنوف از دانشگاه کاستاریکا خارج شده به Mother Base نقل مکان میکند. استرنجلاو که حالا با حذف کلدمن به MSF منتقل شده، فرایند ساخت اسلحه هوش مصنوعی مخصوص به این گروه را با نام Metal Gear ZEKE شروع میکند. اسلحهای که در ادامه به کلاهک هستهای Peace Walker مجهز میشود. در این میان زادورنوف که بارها از سلول خود فرار میکند توسط بیگ باس و در یک درگیری کشته میشود. فرارهای متعدد زادورنوف این مسئله را مطرح میکند که شخصی از داخل Mother Base به او کمک میکند و در همین لحظه میلر بیگ باس را باخبر میکند که ZEKE به شکل ناگهانی فعال شده. بیگ باس به Mother Base رسیده با ZEKE روبرو میشود که به شکل دستی توسط پاز کنترل میشود. هرچند میلر سعی در غیرفعال کردن ZEKE از راه دور دارد اما پاز توضیح میدهد که فرارهای زادورنوف حواسها را پرت کرده تا او فرصت برای ایجاد تغییر در ZEKE را پیدا کند. پاز تصمیم گرفته که ZEKE را به دست رئیس خود یعنی Cipher (سایفر در اصل همان میهنپرستها یا شاخه آمریکایی فیلسوفهاست که در قسمتهای بعدی بیشتر معرفی میشود) برساند و نام واقعیاش چیزی نیز جز Pacifica Ocean. پسیفیکا توضیح میدهد که تمام این ماجراها راهکاری بوده برای شکلگیری پروژه واقعی Peace Walker و اسنیک در گذشته و زمان جدایی از فرمانده سابق خود در FOX یعنی Zero، راه اشتباهی را اتخاذ کرده. بعد از مرگ باس، بیگ باس و زیرو هیچکدام با این موضوع کنار نیامده و هر دو قصد دارند نقش قهرمان را ایفا کنند اما از هر کدام هدفی کاملا متفاوت را با توجه به برداشتی از رفتار باس داشتهاند، دنبال میکنند.
با نزدیک شدن به پایان جنگ سرد و ورد به اثر اطلاعات الکترونیک، سایفر قصد دارد تا سازمانهای اطلاعاتی مختلفی را زیر یک پرچم قرار دهد. او به دنبال این است که با کسب اطلاعات کافی، هدفگذاری دنیا و کنترل ذهن انسانها را به دست گیرد، آن هم در شرایطی که مردم دنیا خودشان از این موضوع بیخبر هستند. کنترل کامل بر تفکرات انسانها، توهمی از صلح را شکل داده و نهایتا جهان بدون مرز محقق میشود. سایفر در اصل قصد دارد تا MSF را تبدیل به نیرویی کند که از توقف این جریان جلوگیری کرده و به مقابله با مخالفان ایدئولوژی طرحریزی شده میروند. با وعده داشتن کنترل روی MSF و ZEKE، پسیفیکا قصد دارد تا اسنیک را مجاب به قبول پیشنهاد سایفر کند اما بیگ باس چنین موضوعی را قبول نمیکند. در ادامه پسیفیکا تصمیم میگیرد که موشک هستهای را به شرق آمریکا شلیک کرده و MSF را به عنوان مقصر اصلی و گروهی افراطی معرفی کند. بیگ باس با ZEKE وارد درگیری شده و قبل از نابودی آن با این صحبت از پسیفیکا مواجه میشود که به او میگوید در آینده بیگ باس تبدیل به مجرمی بینالمللی میشود. انفجار ZEKE، پسیفیکا یا همان پاز را به اقیانوس پرتاب میکند و استرنجلاو اعلام میکند که از هوش مصنوعی آن نسخهای پشتیبانی وجود دارد. چند ساعت بعد از نابودی ZEKE، میلر اعتراف میکند که از هویت اصلی پاز باخبر بوده سایفر در اصل همان Major Zero (فرمانده اسنیک در MGS3) است. شخصی که تمام این اتفاقات را برنامهریزی و به شکل غیرمستقیم باعث گسترش فعالیت MSF شده. هرچند بیگ باس از پنهانکاری میلر ناراحت است اما او پیشبینی میکند که با پایان جنگ سرد، درگیریها در این منطقه افزایش یافته و در ادامه نقش MSF پررنگتر از گذشته می شود. نهایتا اسنیک در بلندگوهای پایگاه اعلام میکند که گروه آنها زیرنظر هر شخصی به جز ملتها و ایدئولوژیها خدمت میکنند و به زودی کشور خود را با نام Outer Heaven میسازند.
این بازیو روی psp داشتم اما چون زبونش ژاپنی بود نتونستم بازیش کنم!